Nació en San José el día 19 de marzo de 1815. Fue hijo de Mariano Montealegre Bustamante y doña Jerónima Fernández Chacón.  Fue el primer costarricense que estudió medicina en Europa. Se graduó de médico cirujano en Inglaterra.
Era un hombre adinerado, heredero de grandes fincas de café y se dedicaba al negocio de la exportación de ese grano. Fue presidente del Congreso.
Llegó a la presidencia mediante un golpe militar que los coroneles Máximo Blanco y Lorenzo Salazar llevaron a cabo en contra de Juan Rafael Mora Porras en 1859 . Luego, por elección popular se le designó Presidente Constitucional para el período 1860 - 1863.
A pesar de sus honrados esfuerzos, su gobierno estuvo muy influido por los coroneles Blanco y Salazar y por los cafetaleros. El período de su mando se caracterizó por enfrentar una gran agitación política.
Don José María convocó a una Asamblea Constituyente, que redactó la Constitución de 1859. Esta redujo el período presidencial de 6 a 3 años. Se prohibió la reelección.
Arregló con ventaja muchas deudas y compromisos que el gobierno había contraído durante la guerra del ’56 y aún antes. Implantó el sistema de sello postal adhesivo.
Fue un presidente progresista y culto. Por la influencia del grupo al que pertenecía, se dieron la caída de don Jesús Jiménez en 1870 y la llegada al poder del licenciado Bruno Carranza.  Tomás Guardia se constituyó en su enemigo político y por tal motivo emigró con su familia a los Estados Unidos.
Falleció en San José en San José, California, el 26 de setiembre de 1887. Sus restos fueron traídos a Costa Rica en diciembre de 1978 y fueron depositados en el Mausoleo de ex Presidentes en el Cementerio Jardines del Recuerdo.

Principales logros de su gobierno
· Se fundó la Dirección General de Obras Públicas en 1860.
· Planeó la realización del primer censo de población y estableció la Oficina Central de Estadística en 1862.
· Auspició la nueva Constitución de 1859, que redujo el período presidencial de 6 a 3 años.
· Decretó la ley de Bases de Colonización para fomentar la inmigración europea para el cultivo del café.

Presidente, Costa Rica

José María Montealegra Fernández