Nació en San José, el 12 de agosto de 1797. Era hijo de don Miguel Antonio Aguilar Fernández y doña Josefa de Luz Chacón Aguilar.
Se graduó como licenciado en derecho y ocupó cargos importantes durante la administración de don Juan Mora Fernández.
El 17 de abril de 1837, don Manuel fue escogido por el Congreso para que desempeñara el cargo de Jefe de Estado. Poco tiempo después, el ex Jefe de Estado, Braulio Carrillo intentó derrocarlo, pero no lo logró.
El jefe de Estado Aguilar lo indultó y continuó con su gobierno, pero carecía de la energía necesaria para afrontar la situación tan difícil que imperaba en una época de emergencia nacional en la que os ánimos del pueblo estaban muy exaltados.
Fueron dictadas varias medidas en favor de la moralidad e instrucción públicas y del fomento de los caminos. Así mismo se derogó el decreto que situaba a la capital en el Murciélago.
El 27 de mayo de 1838, Aguilar fue derrocado y desterrado por un grupo de militares de la capital. El poder fue asumido por don Braulio Carrillo, bajo cuyo gobierno se consolidó la capital en San José.
Murió desempeñando ese cargo el 6 de junio de 1846.
Durante su corta administración se llevaron a cabo varias obras públicas. Fue un gobernante benévolo y progresista.

Principales logros de su gobierno
· Abolió la ley que establecía la capital en San Juan del Murciélago.
· Fortaleció los lazos de Costa Rica con el resto de Centroamérica.
· Promovió leyes contra la corrupción moral.
· Impulsó la construcción de carreteras.
· Estimuló la educación pública.
· Se dieron reglamentos y normas para prevenir las epidemias y preservar la salud pública

Presidente, Costa Rica

Manuel Aguilar Chacón